El escudo de la Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca, expresado con sencillez, simboliza la más pura esencia del hombre, cuya búsqueda es: el conocimiento, el saber y su aplicación. Lenguaje que todo universitario debe saber interpretar y entender correctamente.
Del frontispicio que corona el edificio que albergara al Instituto de Ciencias y Artes del Estado, emerge vigoroso un potente brazo, como rama de árbol secular, sosteniendo el emblema universitario simbolizado por una lámpara cuya luz ilumina el mundo con fulgores que disipan las sombras, simbolizando así que la Universidad es redondez translúcida, donde la luz penetra sin dejar zonas ocultas a su esplendor; donde la ciencia no podrá prevalecer sobre el espíritu, ni el espíritu sobre la ciencia, porque ambos son expresión del mismo pensamiento; donde todo vive sostenido por el equilibrio imperturbable del cosmos, sin declinaciones laterales.
Estos dos símbolos, vinculados en uno solo dentro del tiempo y el espacio, se proyectan sobre un fondo celeste, alborotado de nubes y rayos que expresan la fuerza creadora, constante y latente del universo infinito. En la parte superior brillan siete estrellas que simbolizan las Siete Regiones de Oaxaca. De todas emana luz propia, fulgor astral, que alumbra a la Universidad Autónoma Benito Juárez tanto como ésta también ilumina en armonioso consorcio la ruta estelar.
El fondo, horizonte teñido de azul, simboliza el cielo sereno y augusto de Oaxaca. El desiderátum de nuestra Universidad se expresa en la trilogía de ideas-fuerzas: CIENCIA, ARTE, LIBERTAD, que integran su lema y definen su trayectoria y destino a través del tiempo.
